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边保军于1962年5月出生，籍贯浙江诸暨。边保军1982年至1988年在浙江大学数学系硕博连读，获理学博士学位，研究方向为偏微分方程。毕业后他留校任教，先后任讲师、副教授、教授，并担任浙江大学数学研究所副所长。自2002年起，边保军在同济大学数学系担任教授，2003年起任博士生导师，2011年起至2016年任数学系系主任。边保军长期从事偏微分方程与金融数学研究，主持和参与了多项国家级科研项目，与国际学者合作取得了多项重要成果并发表于数学顶级期刊。