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王存玉主要在分子信号，口腔医学和转化医学等领域取得了创新性的研究成就。关于NF-KB转录因子调控癌细胞死亡和耐药的理论具有里程碑意义，曾指导着肿瘤的临床治疗试验。他还在头颈部和口腔鳞癌生长和转移方面开展了一系列原创性的工作；发现慢性炎症和骨代谢疾病中骨形成受抑制以及肿瘤骨转移的分子机理；首次发现了三个组蛋白甲基化酶表观遗传调控成人干细胞的功能和命运。

北京大学临床医学高等研究院 （以下简称“高研院”）于2023年8月15日正式成立，为北京大学独立类实体研究机构。高研院的成立，是北京大学响应国家战略需求，推动医学科技创新的重要举措。高研院致力于建设成为国际一流的，集“技术研发、成果转化、临床应用和人才培养”为一体的综合性临床科技创新高地。高研院将通过加强顶层设计和医教研统筹管理，构建以临床需求为导向的多学科交叉研究体系，开展高水平临床与基础研究，推动医学研究模式的创新，促进前沿科技成果的转化和应用，为国家医学科技自立自强创新体系建设贡献力量。